Pendangkalan menjadi momok tersendiri dalam pengelolaan jasa dermaga, maklum pendangkalan menjadikan pergerakan kapal, terutama kapal dengan tonase besar menjadi terhambat. Peningkatan sedimentasi perairan karena faktor alam dan dampak industri mengharuskan upaya pengerukan perlu dilakukan secara periodik. Dan ternyata soal pendangkalan pada area pelabuhan ini langsung berdampak pada lalu lintas kapal selam.
